La Junta de Directores estará integrada por el Rector, el Vice Rector General, el Secretario General y dos Directores Propietarios. Habrá también dos Directores Suplentes, electos igualmente por la Asamblea General, que sustituirán a los Directores Propietarios en caso de ausencia, en la forma que lo establezca el Reglamento Interno de este organismo. La Junta de Directores será presidida por el Rector o en su ausencia, por el Vice Rector General; en caso de ausencia de ambos, la Junta de Directores será presidida por el Director Propietario que designen los asistentes.

- Ing. Mauricio Bernal Guardado
Rector y Representante Legal - Ing. Roberto Argueta Quan
Vicerrector General - Ing. Julio César Rico
Secretario General - Lic. Mario Guzmán Calderón
Director Propietario - Ing. Carla Puente Castillo
Directora Propietaria - Ing. Luis Soto Gómez
Director Suplente - Dr. Ernesto Salmerón Henríquez
Director Suplente
(Asuente)
Junta de Directores
La Junta de Directores será la máxima autoridad en materia académica y administrativa de la Universidad y tendrá las siguientes funciones:
- Proponer a la Asamblea General, modificaciones a los Estatutos de la Universidad
- Aprobar los Reglamentos Generales y Especiales que establezcan estos Estatutos y otros Reglamentos que sean necesarios para la buena marcha de la Universidad, así como cualquier reforma que se haga a los mismos, y remitirlos al Ministerio de Educación para efectos de registro.
- Aprobar las políticas académicas, administrativas y financieras de la Universidad y comunicarlas a las instancias respectivas para su implementación.
- Elegir o remover, a propuesta del Rector, a los Vice Rectores contemplados en el artículo ocho de estos Estatutos, a excepción del Vice Rector General, que será electo por la Asamblea General.
- Elegir o remover, a propuesta del Rector, a los Decanos de las Facultades, a los Directores de Institutos Post-Grado, al Asesor Jurídico, al Secretario de Planificación, a los Directores de las Unidades de Apoyo Académico y a los Directores de las Unidades de Apoyo Administrativo.
- Aprobar, a propuesta del Rector, los presupuestos semestrales de la Universidad, autorizar ajustes a los mismos y conocer informes mensuales que sobre su ejecución le presente el Vice Rector Administrativo y Financiero.
- Aprobar convenios de cooperación con organismos de Instituciones nacionales e internacionales y autorizar al Rector para que los suscriba en nombre de la Universidad.
- Autorizar la participación de la Universidad en organizaciones, asociaciones o eventos de naturaleza académica y nombrar sus representantes ante los mismos.
- Conocer y resolver la aceptación de donaciones, herencias o legados que le hagan a la Universidad.
- Conocer, y presentar a la Asamblea General, la Memoria Anual de Labores elaborada por la Secretaría General.
- Aprobar la creación, suspensión o modificación de Facultades, Carreras, Planes de Estudio, Institutos de Investigación, Centro Regionales u otras dependencias, a propuesta de la autoridad correspondiente, y tramitar la autorización de la Dirección Nacional de Educación Superior.
- Fijar los aranceles que por servicios académicos, u otro tipo de servicios, debe cobrar la Universidad.
- Proponer a la Asamblea General la concesión de premios o distinciones honoríficas a personas o instituciones que se hagan merecedoras a ello según los criterios que establezca un Reglamento Especial.
- Autorizar la contratación de servicios y compra de bienes que someta a su consideración la Rectoría de la Universidad.
- Trasladar a la Asamblea General aquellos asuntos que, a su Juicio, ameriten una decisión de esta instancia.
- Cualquier otra atribución que le establezcan estos Estatutos y/o los Reglamentos de la Universidad.